宏基因组学研究不要求对每个微生物进行分离纯化培养，而是直接从样品中提取基因组DNA后进行测序分析。通过宏基因组测序，能够解释微生物群落多样性、种群结构、进化关系、功能活性及环境之间的相互协作关系，极大地扩展了微生物学研究范围。环境微生物多样性检测是指通过对环境中微生物16S rDNA高变区/ITS 的PCR扩增产物进行高通量测序，分析该环境下微生物群落的多样性和分布规律。
分析项目
标准分析项目
1. 去除宿主污染，产出数据及质控统计
2. 组装前，通过K-mer分析评估样品的测序深度
3. 序列组装
4. 基因组结构注释（串联重复序列注释、短回文重复序列注释、可变遗传因子注释、基因编码区域预测、NCBI NR库比对、致病岛预测、前噬菌体预测、毒力因子预测，可选）
5.基因功能注释（GO功能注释，KEGG通路注释，Swissprot数据库注释、COG功能分类）
6.比较基因组分析（基因家族分析，系统进化树构建，物种分期时间预测）
7. 生物种类和丰度估计
8. 样本间群落结构比较（多样本）；
9. 微生物生物分布与环境关联分析（多样本）；
高级分析项目
重要结论的获得;
聚类分析；
主成分分析；
通路富集分析；
功能富集分析；
个性化分析
动物实验
